目前真菌类群的界定一般包括原生动物界的 细胞黏菌和非细胞黏菌，藻界的卵菌门（Oomycota）、丝壶菌门 （Hyphochytriomycota） 和网黏菌门 （Labyrinthulomycota）以及真菌界（Kingdom Fungi）的 壶菌门（Chytridiomycota）、接合菌门（Zygomycota）、 子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota） 和有丝分裂真菌（Mitosporic fungi）。
近年来随着分子生物学技术用于真菌系 统发育的研究发现卵菌纲与真菌各纲的主要区 别表现在以下几个方面：
（1）对真菌细胞壁多糖的组分和结构进行了广泛的研究绝大多数真菌的 细胞壁是由几丁质组成的只有卵菌纲的细胞壁是纤维素。从细胞壁的组分显示了卵菌纲有别于 其他真菌。
（2）真菌的营养体大都是单倍体卵菌 的营养体是二倍体，其中少数卵菌的体细胞是多倍体。
（3）卵菌的减数分裂时期与真菌其他各纲不同是在配囊配合时进行的。当双倍体菌丝分 化形成雄器和藏卵器后，减数分裂在雄器和藏卵器中发生。由受精的卵球发育成二倍体的卵孢 子单倍体时期甚短。
（4）对真菌赖氨酸的合成的 研究揭示出两种途径，即二氨基庚二酸（DAP）和 α-氨基己二酸（AAA）途径。绝大多数真菌都通过 AAA 途径合成赖氨酸仅有卵菌纲的真菌是通过 DAP 途径合成赖氨酸显示了卵菌纲与绝大多数 真菌的差异。
（5）卵菌与原核生物的线粒体类似 具有管状嵴而其他各纲真菌与动物和植物的线 粒体类似具有片层状嵴。
（6）卵菌纲不同于真菌的另一个特征是具有双鞭毛的游动孢子。有一条向前的茸鞭和一条向后的光滑的尾鞭式鞭毛。而真菌中除壶菌纲某些种有尾鞭式单鞭毛外，所产生的孢子一般情况下无鞭毛不能游动。
（7）麦角固醇是所有真菌细胞膜的重要组分卵菌是个例 外。有许多杀真菌剂是通过抑制麦角固醇脱甲基 而起作用的主要是通过抑制麦角固醇的前体羊 毛留醇的14位碳原子的加成而实现的。
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