一、肺腺癌和鳞癌的鉴别诊断
TTF-1、Napsin A、CK5/6和p63（p40）是目前鉴别肺腺癌和鳞癌最常用的抗体组合之一。
二、肺腺癌与转移性腺癌的鉴别诊断
肺是多种类型癌转移最常见的部位之一，其中腺癌可能来自胃肠道、乳腺、卵巢、子宫内膜和前列腺等器官，未知原发部位的转移性腺癌占所有肺癌的3%~5%。一些腺癌转移至肺脏时仍然表达“器官特异性”的标志物，借助有效的抗体组合可以进行鉴别诊断。
肺腺癌常常需要与转移性结直肠腺癌鉴别，一般通过肺腺癌特异性的标志物如CK7、TTF-1和Napsin A，以及肠癌特异性标志物如CK20、CDX2等易与转移性结直肠癌鉴别诊断。但部分肺腺癌可表达“肠型”标志物（CK20、CDX20）。另外，形态学上该类腺癌具有结直肠腺癌的特征，“肺型”标记呈不同程度的表达（表1），使这类腺癌与肺内转移性结直肠的鉴别诊断具有挑战性。因此除了常规应用免疫标志物组合以外，应综合病史、临床表现以及内镜和影像学资料进行考虑。
除了结直肠腺癌外，转移至肺的腺癌还可能来源于乳腺、肾脏、卵巢、前列腺等远位器官。乳腺癌大部分表达ER/PR、GATA-3、GCDFP-15或者乳腺球蛋白（Mammaglobin）。GATA-3是乳腺癌的特异性标志物，在47%~100%的乳腺癌中表达，其中90%以上的腺腔型乳腺癌表达GATA-3，但在三阴性乳腺癌中的阳性率较低（40%）。 肺腺癌不表达GATA-3，但部分东亚裔肺腺癌表达ER，因此，鉴别诊断时需结合TTF-1和Napsin A。肺腺癌不表达Pax-8，因此Pax-8表达强烈支持为转移性腺癌。肾细胞癌强烈表达Pax-8，结合Pax-2及其标志物有助于诊断肾细胞癌；Pax-8、ER和PR表达则支持卵巢浆液性腺癌的诊断；Pax-8、TG表达有助于甲状腺癌的诊断；PSA和PSAP表达则强烈支持前列腺癌的诊断。
三、肺癌与胸膜上皮样恶性间皮瘤的鉴别诊断
肺腺癌和鳞癌有时需与胸膜上皮样恶性间皮瘤鉴别，特别是对于胸腔镜取样的小活检标本和胸水脱落细胞学标本。胸膜上皮样恶性间皮瘤与肺腺癌以及鳞癌鉴别诊断的常用免疫标志物详见表3、4。
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